Accepted_test

Small non-coding RNAs of extracellular vesicles of parasitic worms as regulators of human target genes
by Maria Pakharukova | IC&G SB RAS
Abstract ID: 312
Event: BGRS-abstracts
Sections: [Sym 1] Section “Regulatory genomics”

Малые некодирующие РНК регулируют экспрессию генов посредством взаимодействия с 3'-UTR целевых мРНК, влияя на их стабильность. Паразитические организмы также выделяют микроРНК в составе внеклеточных везикул, способны проникать в клетки человека. Заражение человека трематодой Opisthorchis felineus приводит к неоплазии эпителия, с другой стороны, к снижению частоты возникновения осложнений при астме. Механизмы, с помощью которых паразиты подавляют острое воспаление, регулируют ответ иммунной системы не изучены.

Цель работы: Выявление малых РНК внеклеточных везикул трематод, проявляющих специфические биорегуляторные свойства в отношении клеток человека.

UMI-containing ДНК-библиотеки из малых РНК внеклеточных везикул O. felineus были секвенированы 1Х50 п.н. на платформе BGISEQ-500. Для поиска генов мишеней в геноме человека применяли bowtie2, miRDeep2, TargetScan, miRDB и RNAhybrid, консервативность микроРНК проводили с помощью базы данных miRBase. Транскриптомы холангиоцитов человека (H69) после воздействия внеклеточных везикул Opisthorchis felineus были секвенированы 2Х150 пар оснований на платформе DNBseq (BGI, Китай).

Для анализа данных полногеномного секвенирования транскриптомов клеток человека применяли алгоритмы STAR, R-пакеты DESeq2, PCAtools. Анализ обогащения путей проводили с использованием баз данных Gene Ontology (GO), KEGG и MsigDB и R-пакетов msigdb, а также clusterProfiler.

Среди мажорных микроРНК экзосом O. felineus были как консервативные микроРНК, так и специфические для паразитических червей. При этом, были выявлены различия в относительном содержании микроРНК в экзосомах по сравнению с целыми взрослыми особями трематод. В результате секвенирования транскриптома холангиоцитов человека Н69 выявлено 773 дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ) после обработки клеток везикулами трематод. Тест Фишера показал обогащение ДЭГ холангиоцитов предсказанными генами-мишенями паразитических микроРНК.

Таким образом, в работе впервые показана данные, свидетельствующие о регуляторной роли паразитических микроРНК в регуляции экспрессии генов человека.