Accepted_test

Была создана программа, которая автоматизирует поиск генов в геномах с помощью программы BLAST+.  Данная программа использует нуклеотидные последовательности геномов и аминокислотные последовательности референсных белков. Она запускает выравнивание каждой геномной последовательности с каждой референсной последовательностью с помощью программы BLAST+ в режиме tblastn. Результат каждого такого выравнивания сохраняется в виде временного файла. Из каждого такого файла программа извлекает информацию о длине референсной последовательности; количество идентичных аминокислот для каждого выровнявшегося участка; e-value, и др. Далее программа автоматически  производит отбор и анализ выровнявшихся последовательностей.

С помощью данной программы был проведен поиск генов, связанных с катаболизмом стероидных соединений (стеринов, желчных кислот и диосгенина) у 567 штаммов прокариот, депонированных во Всероссийской коллекции микроорганизмов (ВКМ) в ИБФМ РАН, нуклеотидные последовательности которых представлены в базе данных GenBank (NCBI). Благодаря этому было выявлено 64 бактериальных штамма, предположительно способных утилизировать стерины, у каждого из которых обнаружено не менее 30 генов, схожих с генами, ассоциированными с катаболизмом стеринов. Также было выявлено 15 штаммов, у каждого из которых обнаружено не менее 30 генов катаболизма желчных кислот и только один штамм, обладающий не менее чем 30 генами, связанными с катаболизмом диосгенина.

Выявленные штаммы, обладающие стероидным катаболизмом, могут быть использованы для создания стероид-трансформирующих штаммов для биотехнологических методов получения ценных стероидных соединений.