Accepted_test

Liver transcriptomics revealed species-specific responses dur-ing infections with three foodborne trematodes
by Maria Pakharukova | IC&G SB RAS
Abstract ID: 329
Event: BGRS-abstracts
Sections: [Sym 1] Section “Genome-wide transcriptomics (differential gene expression)”

Трематоды семейства Opisthorchiidae различаются по степени канцерогенности для человека. Opisthorchis viverrini и Clonorchis sinensis отнесены к 1А группе биологических канцерогенов, тогда как O. felineus - к группе 3А, как не канцероген. Cравнение трех близкородственных видов с разным канцерогенным потенциалом представляется перспективной моделью изучения ключевых процессов сдвига метаболического равновесия при биологическом канцерогенезе печени и выявлении каскада регуляторных событий и динамики преканцерогенных изменений.

Целью работы было определить различия в активации клеточных путей в клетках печени хомячков Mesocricetus auratus, зараженных в течение 1 и 3 месяцев тремя разными видами трематод.

В работе применяли экспериментальные подходы (выделение РНК, создание кДНК библиотек, Вестерн-блот анализ, гистологический анализ срезов печени). Обработку 24 транскриптомов (HiSeq, 2X150 п.о.) проводили следующими биоинформатическими методами: анализ дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ), функционального обогащения ДЭГ, анализ клеточного состава с использованием данных секвенирования единичных клеток печени, анализ взвешенных сетей коэкспрессии генов с использованием данных полуколичественного гистологического обсчета срезов печени хомяков с помощью FastQC, STAR и R-пакетов (DESeq2, clusterProfiler, bisqueRNA, PCAtools, WGCNA).

Проведен анализ корреляции (коэффициент Пирсона) между кластерами коэкспрессирующихся генов и структурными изменениями в печени, такими как фиброз и неопластические изменения эпителия с помощью анализа взвешенных сетей коэкспрессии генов.

Таким образом, в работе впервые проведен сравнительный анализ профилей экспрессии генов в печени животных, инфицированных трематодами с разным канцерогенным потенциалом. Исследуемые трематоды оказывают видоспецифичное воздействие на печень, влияя на изменение экспрессии различных генов и активацию или подавление клеточных путей, что приводит к различиям в выраженности структурных повреждений печени и может объяснять канцерогенный потенциал трематод.