Accepted_test

В рамках данной работыбыли изучены физико-химические свойства комплексов тринадцатизвенных олигодезоксирибонуклеотидов, содержащие одну N-бензимидазольную модификацию в концевой или предконцевой фосфатной группе с 3'- конца с 22-звенными ДНК цепями. Формируемые ими комплексы были комплементарными или содержали мисматчи во втором положении с 3'- конца короткой цепи. Было показано, что процесс образования таких комплексов может быть описан в рамках приближения модели двух состояний. Введение бензимидазольной модификации значительно снижает термическую стабильность таких комплексов в стандартных условиях (1М NaCl), но в условиях, близких к физиологическим такого снижения практически не наблюдается. Введение N-бензимидазольной модификации в первый фосфатный остаток приводит к меньшей дестабилизации, чем введение во 2 положение от 3'-конца короткой цепи. Свободная энергия Гиббса для комплексообразования и температура плавления для комплексов, полученные в 1М NaCl и 100 мМ NaCl, 5 мМ MgCl2, имеют линейную корреляцию для модифицированных комплексов.

Была исследована скорость и эффективность эллонгации тринадцатизвенных ФАО праймеров в комплексе с 22-звенной ДНК-марицей как для систем с мисматчами, так и комплементарные комплексы при процессировании их ДНК-зависимой ДНК-полимеразой. Была изучена кинетика удлинения праймера на основании чего выбраны оптимальные условия анализа. Анализ продуктов удлинения ФАО-праймеров Taq ДНК-полимеразой позволил определить важные для действия фермента положения ФА-групп в праймере замедляющие или препятствующие удлинению олигомера. В частности, модификация первого межнукотидного фосфатного остатка с 3'-конца праймера приводила к заметному снижению эффективности его удлинения, в то время как модификация второго фосфата в меньшей степени ингибировала процесс эллонгации как для комплементарных комплексов, так и комплексов с мисматчем.