Accepted_test

Конкурирующие эндогенные РНК как маркеры для немелкоклеточного рака легких
by Бурденный А.М. | Логинов В.И. | Пронина И.В. | Брага Э.А. | ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии», Москва, Россия | ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии», Москва, Россия | ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии», Москва, Россия | ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии», Москва, Россия
Abstract ID: 624
Event: BGRS-abstracts
Sections: [Sym 9] Section “Gene expression and human diseases”

Рак легких является наиболее часто диагностируемым злокачественным новообразованием и ведущим источником неблагоприятного исхода от рака. В связи с этим, актуальной задачей является поиск возможных молекулярных маркеров, которые могут помочь однозначно определить как класс, так и подтип рака лёгких.

Целью настоящего исследования являлся поиск новых маркеров немелкоклеточного рака легкого на основе конкурентных эндогенных РНК.

Методы и алгоритмы. Данные об экспрессии генов у пациентов с НМРЛ получены из Атласа генома рака (TCGA). Были отобраны дифференциально экспрессируемые (ДЭ) гены мРНК, миРНК и днРНК, удовлетворяющие правилу |Log2 FoldChange|>3 или <0.33 и р<0,01. Для изучения биологических функций ДЭ РНК были использованы системы GO и KEGG. Для прогнозирования взаимодействий днРНК-миРНК использовались инструменты miRanda и miRCode , а миРНК-мРНК – miRWalk 2.0 , TargetScan и miRTarBase . Для построения сети конкурирующих эндогенных РНК были выбраны миРНК, которые имеют негативную корреляцию с экспрессией днРНК и мРНК.

Результаты.  Всего в сеть конкурентных эндогенных РНК были вовлечены 6 днРНК (ADAMTS9-AS2, HAND2-AS1, HOTAIRM1, MEG3, SNHG12, NCK1-AS1), 4 миРНК и 26 мРНК. В опухолевых тканях уровень NCK1-AS1 был повышен, тогда как уровень ADAMTS9-AS2, HAND2-AS1, HOTAIRM1, MEG3, SNHG12 значимо снижался в сравнении с таковым прилежащих гистологически неизмененных тканях. Количество узлов и линий в сети составило 36 и 60 соответственно. Из них 3 днРНК, 2 микроРНК и 15 мРНК были тесно связаны с общей выживаемостью пациентов с НМРЛ.

Выводы. Таким образом, мы построили сеть днРНК-миРНК-мРНК у пациентов с НМРЛ. Настоящее исследование позволяет более глубоко оценить роли каждого элемента сети эндогенных РНК, связанных с днРНК, у пациентов с НМРЛ.

Благодарности. Исследование поддержано государственным заданием FGFU-2022-0001.