Accepted_test

База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований
Authors:
Пономаренко М., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Чадаева И., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Филонов С., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Золотарева К., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Кожемякина Р., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Подколодный Н., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Хандаев Б., Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия
Рассказов Д., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Кондратюк Е., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Климова Н., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Федосеева Л., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Богомолов А., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Кожевникова О., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Шихевич С., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Рязанова М., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Ощепков Д., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Ершов Н., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Редина О., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Стефанова Н., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Колосова Н., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Маркель А., Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Abstract ID: 95
Event: BGRS-abstracts
Sections: [Sym 1] Section “Genome-wide transcriptomics (differential gene expression)”

Мотивация и цель: Животные модели, используемые в биомедицинских исследованиях, в настоящее время охватывают практически весь известный спектр заболеваний человека. Они необходимы для понимания физиологических, генетических и эпигенетических механизмов, регулирующих эволюционно закрепленные фенотипические признаки организма, должны максимально повторять симптомы изучаемой патологии и соответствовать строгим критериям [1]. Чаще всего в этих исследованиях используют крыс и мышей, лабораторные линии которых насчитывают на сегодняшний день десятки тысяч [2].

Методы и алгоритмы: Нами создана база знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам (ДЭГ) крысы в качестве одного из модельных объектов в биомедицинских исследованиях, которая представляет собой коллекцию ранее опубликованных экспериментальных данных по экспрессии генов у крыс разных линий, предназначенных для изучения артериальной гипертонии, возрастных нарушений, психопатологических состояний и других заболеваний человека.

Результаты: Текущий выпуск RatDEGdb содержит 25 101 ДЭГ, представляющих 14 320 уникальных генов крысы, которые изменяют уровень транскрипции в 21 ткани 10 генетических линий крысы в качестве моделей 11 заболеваний человека согласно 45 оригинальным научным статьям, как это охарактеризовано в Таблице.

Новшество RatDEGdb по сравнению с другими биомедицинскими базами данных - это курируемая аннотации отклонений ДЭГ крысы как модельного объекта с использованием независимых клинических данных об однонаправленных изменениях экспрессии гомологичных генов, выявленных у людей при различных патологиях. Собранные ДЭГ крыс были аннотированы однонаправленными изменениями экспрессии гомологичных им генов человека у больных в сравнении со здоровыми. Текущий выпуск RatDEGdb содержит 94 873 такие аннотации для 321 гена человека при 836 заболеваниях согласно 959 оригинальным научным статьям, найденным в текущем выпуске базы данных PubMed [3].