Accepted_test

База знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам крысы как модельного объекта биомедицинских исследований
by Пономаренко М. | Чадаева И. | Филонов С. | Золотарева К. | Кожемякина Р. | Подколодный Н. | Хандаев Б. | Рассказов Д. | Кондратюк Е. | Климова Н. | Федосеева Л. | Богомолов А. | Кожевникова О. | Шихевич С. | Рязанова М. | Ощепков Д. | Ершов Н. | Редина О. | Стефанова Н. | Колосова Н. | Маркель А. | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Новосибирский национальный исследовательский государственный университет, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия | Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Россия
Abstract ID: 95
Event: BGRS-abstracts
Sections: [Sym 1] Section “Genome-wide transcriptomics (differential gene expression)”

Мотивация и цель: Животные модели, используемые в биомедицинских исследованиях, в настоящее время охватывают практически весь известный спектр заболеваний человека. Они необходимы для понимания физиологических, генетических и эпигенетических механизмов, регулирующих эволюционно закрепленные фенотипические признаки организма, должны максимально повторять симптомы изучаемой патологии и соответствовать строгим критериям [1]. Чаще всего в этих исследованиях используют крыс и мышей, лабораторные линии которых насчитывают на сегодняшний день десятки тысяч [2].

Методы и алгоритмы: Нами создана база знаний RatDEGdb по дифференциально экспрессирующимся генам (ДЭГ) крысы в качестве одного из модельных объектов в биомедицинских исследованиях, которая представляет собой коллекцию ранее опубликованных экспериментальных данных по экспрессии генов у крыс разных линий, предназначенных для изучения артериальной гипертонии, возрастных нарушений, психопатологических состояний и других заболеваний человека.

Результаты: Текущий выпуск RatDEGdb содержит 25 101 ДЭГ, представляющих 14 320 уникальных генов крысы, которые изменяют уровень транскрипции в 21 ткани 10 генетических линий крысы в качестве моделей 11 заболеваний человека согласно 45 оригинальным научным статьям, как это охарактеризовано в Таблице.

Новшество RatDEGdb по сравнению с другими биомедицинскими базами данных - это курируемая аннотации отклонений ДЭГ крысы как модельного объекта с использованием независимых клинических данных об однонаправленных изменениях экспрессии гомологичных генов, выявленных у людей при различных патологиях. Собранные ДЭГ крыс были аннотированы однонаправленными изменениями экспрессии гомологичных им генов человека у больных в сравнении со здоровыми. Текущий выпуск RatDEGdb содержит 94 873 такие аннотации для 321 гена человека при 836 заболеваниях согласно 959 оригинальным научным статьям, найденным в текущем выпуске базы данных PubMed [3].